Rのigraphでグラフ処理

グラフ・ネットワーク

BOOST Graph Libraryにチャレンジするもコンパイルエラーが読みにくくて挫折．
Cからも叩けるということでigraphを使う．

１．インストールの準備
　CRANに入っているのでinstall.packageでplyrと依存関係があるが，2015/10/20現在だとUbuntu14.04のRはバージョンが古くてplyrが提供されていない．そこで，Rのバージョン自体を上げる必要がある．以下がそのコマンド．
これをやっておくとflycheckが中で呼び出しているrlinttoolも入れられるのでEmacsでのオンザフライの文法チェックがRでもできるようになる．

$ sudo apt-get remove r-base r-core
$ sudo add-apt-repository "deb http://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu trusty/"
$ gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
$ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
$ apt-get update
$ sudo apt-get install r-base
# たまたまなのか，上の東工大リポジトリにアクセスできなかったので実際は下のUCLAで入れた．
# sudo add-apt-repository "deb http://cran.stat.ucla.edu/bin/linux/ubuntu trusty/"

２．グラフの作り方
・色々とあるけど，あんまり考えずに隣接リスト（エッジリスト）でやる，graph_from_edgelistが一番いいと思う．
・名前とか重みは後で$name, $weightでつけられる．プロット時の色なども$colorで指定できる．

３．注意点
・ノード番号，枝番号は穴なく埋められている．つまり，枝数やノード数を変化させるようなグラフ操作，例えば誘導部分グラフ生成(induced_subgraph)などはノードのインデックスが変わってしまうので注意する．